在本校2023-2027年的中長程校務發展計畫中，為順應國家整體高等教育發展之政策，配合社會與產業界的需求，接軌全球學術研究之趨勢，就學校既有的優越基礎審時度勢、分析評估，加以妥善規劃，以朝國際一流大學邁進為願景：
目標一、接軌世界，發展國際一流大學
目標二、厚植師生實力，培養高階人才
目標三、聚焦研究，解決重大醫學難題
目標四、擴建大學校區，建構智慧校園
目標五、建立國際一流中、西醫學中心
目標六、深耕產官學研合作，建構生醫園區
目標七、提升高教公共性，善盡大學之社會責任
目標八、建設綠色校園，確保永續經營
為了配合學校的教育目標與中長程規劃，醫學系於2023年4月12日系務會議共同討論制定未來五年新期程之短中長期教育目標，內容如下：
| 近程目標：持續課程改善，牢固紮根核心能力 | |
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| 目標一 | 加強醫學推理與批判性思考課程，加強行為科學與醫學人文涵養。 |
| 目標二 | 提升學生科技素養，增加資訊與醫工能力。 |
| 目標三 | 培養學生獨立研究能力及關鍵4C能力、團隊合作與領導能力。 |
| 目標四 | 擴大運用數位翻轉課堂，促進學生主動學習。 |
| 目標五 | 優化醫學教育模擬中心，銜接基礎與臨床，兼顧學習與醫品。 |
| 目標六 | 以學生學習為中心地持續精進整合課程，引進創新團隊導向學習概念。 |
| 目標七 | 完善六年制臨床實習課程，智慧化能力導向評估。 |
| 中程目標：深耕優化醫學教育內涵與環境 | |
|---|---|
| 目標一 | 創新科技融入醫學課程，模擬訓練鏈結知識與應用。 |
| 目標二 | 擴大跨領域學程計畫，培育頂尖醫師科學家(MD-PHD )，促進學生多元發展。 |
| 目標三 | 結合臨床推理、實證醫學與健康照護，學生參與疾病決策共享。 |
| 目標四 | 深化能力導向醫學教育接軌國際，永續人才培育。 |
| 目標五 | 持續建構醫學院軟硬體設施，優化師生之空間與醫學人文氛圍。 |
| 遠程目標：培育兼具人文關懷、社會參與、健康照護及永續發展之稱職醫師。 |
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