在本校2018-2022年的中長程校務發展計畫中，我們以邁向國際一流醫學大學為願景，設定八大目標作為未來校務、教務以及學務的重要工作，統籌學校的教學、研究、服務、營運以及永續發展等工作：
目標一、與國際接軌，邁向國際一流大學
目標二、領航教學創新，厚植師生實力，形塑學校特色
目標三、促進多元發展、培育高階人才
目標四、聚焦研究，解決重大醫學難題
目標五、擴建大學校區，建構智慧校園
目標六、建立國際一流中、西醫學中心
目標七、深耕產官學研合作，建構生醫園區
目標八、提升高教公共性，善盡大學之社會責任
為了配合學校的教育目標與中長程規劃，醫學系於107年6月19日第三次系務會議共同討論制定未來五年新期程之短中長期教育目標，內容如下：
醫學系短中長程目標（2018-2022）
一、近程目標-定期檢討與持續課程改善，牢固紮根核心能力
目標一：加強醫學推理與批判性思考課程，加強行為科學與醫學人文涵養。
目標二：培養提升學生資訊素養，增加程式設計課程。
目標三：培養學生獨立研究能力及關鍵4C能力、團隊合作與領導能力。
目標四：持續建置數位翻轉課堂於基礎醫學課程，促進學生的主動學習。
目標五：建置醫學教育模擬中心，銜接基礎與臨床，兼顧學習與病安。
目標六：以學生學習為中心地持續整合基礎與臨床課程，引進創新團隊導向學習概念。
目標七：建置完善六年制臨床實習課程，智慧化一般醫學能力評估。
二、中程目標-深耕優化醫學教育內容與環境
目標一：創新科技融入基礎與臨床整合課程，模擬訓練延伸到整合課程。
目標二：MD-PhD 2.0版計畫，培育頂尖醫師科學家，促進學生多元發展。
目標三：結合臨床推理、實證醫學與醫療照護，讓學生有能力參與疾病決策共享。
目標四：臨床與基礎翻轉整合，以能力為導向的畢業前一般醫學訓練。
目標五：重新建構醫學院軟硬體設施，增加師生之空間與醫學人文氛圍。
三、遠程目標-培育兼具人文關懷、臨床與研究能力之稱職醫師。
本校醫學系辦學依據「中國醫藥大學中長程校務發展計畫」規劃書進行修訂。「中國醫藥大學中長程校務發展計畫書」係為五年期計畫書，每年皆需檢討成效並依社會環境變遷略作微調，本系之發展規劃亦會配合調整，並於107年6月19日第三次系務會議訂定本系短中長程發展計畫，送醫學院核備。
醫學院可藉由由上而下、由下而上等垂直指揮統一鏈，以及院內同仁間的會議討論之水平溝通機制，來充分傳達與了解校級及醫學系之發展計畫與運作方針，並達到橫向溝通意見交流之效。