本系創立於民國四十七年八月，秉持校訓「仁、慎、勤、廉」之精神，培育「視病猶親、修己善群、終生學習、術德兼修」的醫學人才，照顧個人、家庭及社區，服務社會。本系的教育目標（Educational Goals）為培育一位稱職的好醫師。包括：
（一）仁（價值觀）：利他服務、服膺倫理
（二）慎（技能）：思辨創新、溝通合作
（三）勤（知識）：終身學習、多元發展
（四）廉（態度）：全人醫療、人文關懷
為確實達到中國醫藥大學醫學系的教育使命，本系的課程教育目的（Educational Objectives）為「重視生命服膺倫理、思辨與創新、終身學習與多元發展、全人醫療」，是以本校的校訓為宗旨，以培育一位才德兼俱專業素養的好醫師。
（一）目的一：培育重視生命並服膺倫理原則的醫師。
（二）目的二：培育有思辨與創新能力、能有效進行溝通及合作的醫師。
（三）目的三：培育具醫學專業知識、能採取主動與自主的終身學習態度，並進行多元發展的醫師。
（四）目的四：培育以全人醫療為中心，能促進全民健康之社會責任的醫師。